Se o MEI não tem um contador que assine um balanço contábil (livro diário/razão), ele não pode distribuir todo o lucro como isento. Ele deve seguir a "Regra da Presunção":
Serviços: Apenas 32% da Receita Bruta Anual é considerada Lucro Isento.
Comércio/Indústria: Apenas 8% da Receita Bruta Anual é considerada Lucro Isento.
O Exemplo Prático: Você é MEI de Serviços e faturou R$ 80.000,00 no ano.
Parcela Isenta (32%): R$ 25.600,00. (Vai na ficha de Isentos).
Parcela Tributável: (Faturamento - Despesas Comprovadas - Parcela Isenta). Se o valor que sobrar na "Parcela Tributável" for superior ao limite de isenção do IR, você é obrigado a declarar e pagar imposto sobre essa diferença.